İnsan Haklarını İnceleme Komisyonun çalışma usul ve esasları, 3686 sayılı Kanun’un 6’ncı, 7’nci ve 8’inci maddelerinde düzenlenmiştir. Buna göre Komisyonun çalışma usul ve esasları şu şekildedir:

1. İnsan Haklarını İnceleme Komisyonu, üye tamsayısının en az üçte biri ile toplanır ve toplantıya katılanların salt çoğunluğu ile karar verir; ancak karar yeter sayısı hiçbir şekilde üye tamsayısının dörtte birinin bir fazlasından az olamaz.
2. Komisyon, incelemelerini alt komisyonlar kurmak suretiyle de yapabilir.
3. Komisyon, görevleri ile ilgili olarak hazırladığı raporları Türkiye Büyük Millet Meclisi Başkanlığına sunar. Bu raporlar Danışma Kurulunun görüş ve önerisi ile Genel Kurul gündemine alınabilir ve okunmak suretiyle veya üzerinde görüşme açılarak bilgi edinilir.
4. Komisyon raporları Cumhurbaşkanlığı ve ilgili bakanlıklara da Başkanlıkça gönderilir.
5. Komisyonun gerekli görmesi halinde; inceleme konusunun sorumluları hakkında genel hükümlere göre kovuşturma veya işlem yapılabilmesi için, Türkiye Büyük Millet Meclisi Başkanlığınca Komisyon raporu ilgili mercie bildirilir.
6. Komisyon çalışmaları ile ilgili olarak, yurtiçi ve yurtdışı görevlendirmelere ait giderler, Komisyonun Kararı ve Türkiye Büyük Millet Meclisi Başkanının onayı ile 6245 sayılı Harcırah Kanunu hükümlerine göre Türkiye Büyük Millet Meclisi Bütçesinden karşılanır.
7. İnsan Haklarını İnceleme Komisyonu, Türkiye Büyük Millet Meclisi Başkanlığınca havale olunan başvurular ile ilgili konuları inceler.
8. Komisyon, başvuruların sonucu veya yapılmakta olan işlem hakkında başvuru sahibine en geç altmış gün içinde bilgi verir.
9. İnsan Haklarını İnceleme Komisyonunun çalışmalarında, 3686 sayılı Kanun’da sarahat olmayan hallerde, Türkiye Büyük Millet Meclisi İçtüzüğü hükümleri uygulanır.
10. Türkiye Büyük Millet Meclisi Başkanının, Türkiye Büyük Millet Meclisi İçtüzüğü gereğince komisyonlar üzerinde haiz olduğu denetleme yetkisi İnsan Haklarını İnceleme Komisyonu için de geçerlidir.