Asamble Genel kurulu yılda iki kez NATO’ya üye ve Ortak üye ülkelerin ev sahipliğinde toplanır. Son yıllarda kabul gören bir uygulamaya göre İlkbahar Genel Kurul toplantıları Ortak üye ülkelerin ev sahipliğinde, Yıllık Genel Kurul toplantıları ise tam üye ülkelerin ev sahipliğinde yapılmaktadır.
İlkbahar Genel Kurul toplantılarında 1. gün 3 Komitenin toplantısı 2. gün aynı salonlarda diğer 2 Komitenin toplantısı, 3. gün Daimi Komite toplantısı ve 4. gün Genel kurul toplantısı yapılmaktadır.
Yıllık Genel kurul toplantılarında ise 2 tam gün Komite toplantıları ve yarım gün Daimi Komite toplantısı ve son tam gün Genel kurul toplantısı yapılmaktadır.
Komite toplantılarında raporlar ve karar tasarıları ele alınır. İlkbahar Genel kurulundan sonra raporlar üzerinde üyelerce talep edilen değişiklikler yapılır ve Yıllık Genel Kurul’da bu raporlar son halini bulmak üzere tekrar gözden geçirilir. Komitelerin tartıştığı raporlar ve karar tasarıları Yıllık Genel Kurul’da oylanarak kabul edilir.
Genel Kurullarda oylanarak kabul edilen metinler, “Kararlar Asamble’nin resmi görüşünü yansıtır. Asamble Kararları Yıllık Genel Kurul’dan sonra tüm üye ve ortak üye ülkelerin Parlamento Başkanlarına, Dışişleri ve Milli Savunma Bakanlarına gönderilir.
Kararlar salt çoğunluk ile alınır.
Daimi Komite, NATO Parlamenter Asamblesi Başkanı, 4 Başkanvekili, Asamble Saymanı, üye ülkelerin Delegasyon Başkanları, ulusal delegasyonların belirlediği birer yedek üye ve Asamble Genel sekreterinden oluşmaktadır.
Daimi Komite Asamble ile ilgili tüm kararları. Bunlara, Asamble’nin gelecek Genel kurul toplantılarının yerinin belirlenmesi, Komitelerin görev alanlarının belirlenmesi, Asamble bütçesinin kabul edilmesi, Asamble faaliyetlerinin düzenlenmesi gibi kararlar dahildir.
Daimi Komite aynı zamanda Asamble Genel Sekreterini ve Genel Sekreter yardımcısını göreve atar ve görevden alır; Genel Sekreter’in yetkilerin saptar.
Daimi Komite ilkbaharda, genel kuruldan 3-4 hafta önce ilk olağan toplantısını yapar. Diğer toplantılarını ise İlkbahar ve Yıllık Genel kurul toplantıları sırasında yapar. Asamble Başkanı Daimi Komiteyi olağanüstü toplama hakkına sahiptir.
Asamble Başkanlık Divanı 1 Başkan, 4 Başkan Yardımcısı ve 1 Sayman ve Asamble Genel sekreterinden oluşur. Yıllık Genel kurul toplantısı sırasında Başkan ve Başkanvekilleri iki yıllık bir dönem için seçilirler.
Bu görevler için adaylar 3 ya da daha fazla delegenin yazılı teklifiyle aday gösterilirler ve adaylıkları Daimi Komite tarafından onaylanır. Başkan Yardımcılarından bir tanesinin mutlaka Kuzey Amerika kıtasından olmasına dikkat edilir.
Komiteler kendi faaliyet alanlarına giren güncel olayları inceler. Komite özel bir konuyu detaylı bir şekilde inceleme gereği duyarsa o konuyla ilgili Alt-Komite oluşturur. Alt-Komiteler yıl boyunca düzenli olarak toplantı yaparlar, bu çalışmalar sonucu ortaya çıkan raporlar ve tavsiye kararları Asamble çalışmalarının da temelini oluşturur.